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Es un examen de las secreciones provenientes de los pulmones y los bronquios (conductos que llevan el aire al pulmón) para buscar organismos que causan infección.

Los estudios más frecuentes que se realizan sobre las heces son: Estudio físico: valora la consistencia, densidad, color y olor de las heces. Estudio bioquímico: se estudian los componentes que forman las heces. Hay que tener en cuenta que en condiciones normales las heces son un 70% agua, y el 30% restante son otros componentes como grasas, proteínas, bacterias y fibras, que no se pueden digerir. Prueba de Van Kamer: es una prueba específica para medir la cantidad de grasa en las heces con más exactitud que un estudio bioquímico. Se necesitan recoger varias muestras de heces. Detección de enzimas: principalmente se estudia la presencia de enzimas pancreáticas en las heces, las cuales son esenciales para la digestión. Sangre oculta en heces: permite detectar la presencia de pequeñas cantidades de sangre mezclada con las heces. Actualmente se recomienda que los mayores de 50 años se realicen esta prueba anualmente como ayuda para diagnosticar el cáncer de colon (aunque para el diagnóstico precoz de este tipo de cáncer la prueba más efectiva es la colonoscopia), y puede también servir para detectar tumores desconocidos. En algunos países venden tiras de papel reactivas en las farmacias. Examen en fresco: consiste en diluir las heces y observarlas directamente con el microscopio. Permite detectar parásitos y sus huevos, y otros elementos más grandes. Coprocultivo: del mismo modo que se pueden aislar microorganismos en la sangre mediante un hemocultivo, o en la orina mediante un urocultivo, en las heces se puede realizar un coprocultivo para aislar gérmenes patógenos.

Por expectoración. Debe ser eliminada por el propio paciente mediante la tos, y recogida en un recipiente estéril que se les da a tal efecto. Por eso, la colaboración del interesado es esencial para obtener una muestra que sea de buena calidad, pues se necesita de una buena muestra para poder hacer un buen diagnóstico. El esputo debe de tener más de 25 leucocitos, y menos de 10 células epiteliales por campo (aumento X 100) para ser adecuada para estudiar, pues si no es así, es que está contaminada con secreciones orales.