Les sels biliaires forment aussi des micelles microscopiques hydrosolubles, c'est-à-dire des micro-amas de lipides dégradés de 3-6 nm. La formation de micelles est essentielle à l'absorption des produits finaux des graisses (après leur dégradation par les lipases pancréatiques) à travers la membrane de la muqueuse intestinale, vers le sang. Notamment des acides gras, des monoglycérides et aussi le cholestérol (qu'il soit d'origine alimentaire ou qu'il provienne du foie).
L'ion hydrogénocarbonate HCO3- neutralise le chyme gastrique acide issu de l'estomac. La bile transforme alors le chyme en chyle.