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如何有效地利用有限的财政资源是当前各国政府同样面临的政策挑战，而中国所选择的道路是将有限的资源投入到为数极少的核心高等教育机构，即对以央属院校为代表的重点大学进行重点资助的公共财政倾斜性投入机制。同时地方高校的资金筹措机制相对单一化，也出现潜在风险。

在这里，专项资金是个谜。 20世纪90年代之后，中央财政即增加了对高教的专项资金投入，其大大强化了高等教育的倾斜性投入机制，由此进一步拉大了央属高校与地方院校之间的经费差距。尤其是211工程（1992年）与985项目（1999年）的启动，在两个不同阶段，导致了两类院校之间的收入结构出现了明显的差异。2005年，国内一流高校的校均收入达到20亿，而普通地方本科和地方高职高专院校的校均收入仅分别为1.9亿和0.5亿。

而相当一部分地方院校由于政府财政投入不足和自身在科研或社会服务方面的经费筹措能力有限，正陷入严重的财政困境。它们筹资方式大多局限在两个方面：扩大招生规模、增加学杂费收入；通过银行贷款填补资金，尤其是基建资金的缺口。 学杂费收入的过度依赖、高校债务、学生欠费问题令地方高校财务风险的上升。部分高校债务也在很大程度上扩大了高校的财务运作风险，这种风险的存在和不断上升将在很大程度上导致高校发展路径选择上出现短期行为，制约地方高校的持续、稳定发展。