Se dice que la laguna ha perdido el 80% de su capacidad con respecto a lo que era hace más de 40 años , dicen los habitantes que habitan cerca a la laguna. Afirman que sin la laguna, las tierras aledañas perderán su valor natural.

Por la falta de control por parte de las autoridades, la irresponsabilidad de la población para con el medio ambiente y el cambio climático son unas de las consecuencias que con llevan a esto. http://http//historico.elpais.com.co/paisonline/notas/Diciembre132009/clima.html

Se dice que la laguna de Fúquene desaparecerá al rededor de unos 50 años, Tenía de sur a norte 25 kilómetros, y de oriente a occidente 12 kilómetros y de profundidad unos 40 metros, tenía 12 islas, ahora solo le queda la de El Santuario.