La digestion chimique commence avec l'action de l'amylase salivaire, qui attaque les amidons, des glucides complexes, et amorce leur transformation en sucres simples. La digestion chimique se poursuit dans l'estomac sous l'influence de l'acide chlorhydrique et d'un groupe d'enzymes appelées pepsine, qui fragmente les longues protéines en segments plus courts, les peptides. L'eau, l'alcool ainsi qu'un peu de glucose sont partiellement absorbés au niveau de l'estomac.