Charger le javascript le plus tard possible, ou au moins de manière asynchrone, implique que le visiteur risque de voir la page avant l'exécution du dit javascript. Si le javascript enrichit ou modifie la page, le visiteur aura la désagréable surprise de voir la page se modifier sous ses yeux.
Chaque fois que je parle de reléguer les codes javascript en fin de page, je vois une moue sur le visage de mon interlocuteur. Mettre le javascript dans le du document, et encore plus à la fin de celui-ci, et souvent préjugé comme une pratique "sale". Laissez moi vous convaincre du contraire.