He usado esta herramienta y me parece muy útil para organizar contenidos, además cuenta con diversas plantillas integradas. La desventaja que presenta es que no es gratis pero te ofrece un periodo de prueba de 30 días.

Hola a mi me gusta FreeMind, pero tambien puedes usar examtime, EDraw Mindmap, etc. Te dejo el siguiente enlace donde resumen algunas aplicaciones gratuitas: http://sociologiac.net/2008/09/02/11-aplicaciones-gratuitas-para-crear-mapas-mentales/.

Saludos!