Tiedon etsinnän näkökulmasta tunnistepohjaisissa järjestelmissä on haittapuolia. Ei ole olemassa standardoituja avainsanoja (s.o. folksonomia vs. kontrolloitu sanasto). Tunnisteiden standardoimattomuus (kuten yksikkömuoto, monikkomuoto, versaaliteksti), väärä tunniste kirjoitusvirheen takia, moniselitteiset tunnisteet, epäselvät tunnisteet synonyymien/antonyymien ristiriidan takia, jonkun käyttäjän epätavallinen tai persoonallinen tunnisteskeema, ei tapaa osoittaa hierarkkista suhdetta tunnisteiden välillä (esim. sivu voi olla nimetty tunnisteilla juusto ja cheddar ilman mitään mekanismia, joka ilmaisee, että cheddar on jalostettua juustoa tai yksi osaluokka juustoista).