La contaminación orgánica es la más importante en magnitud, y sus principales fuentes son de origen doméstico, industrial, agrícola y ganadero. Los principales productos que componen la contaminación de origen doméstico son papeles, deyecciones, detergentes, etc. Generalmente, estos compuestos orgánicos se descomponen mediante la acción de microorganismos que viven en el agua, los cuales los utilizan como alimento. Así, en el medio acuático tiene lugar una autodepuración, puesto que en último término las sustancias orgánicas se transforman en agua y CO2, por eso se habla de materia orgánica biodegradable. La contaminación industrial de origen orgánico puede estar constituida por compuestos similares a los domésticos que van a ser biodegradables, o por otros completamente diferentes que van a ser muy difícilmente degradables por los microorganismos.
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