Pitkään kestänyt ja toistuvat happaman mahanesteen refluksoituminen ruokatorveen voi vaurioittaa sen limakalvoa ja aiheuttaa eriasteisia vaurioita. Refluksitaudin komplikaatiot voidaan todeta ruokatorven, mahalaukun ja pohjukaissuolen tähystyksessä eli gastroskopiassa. Valtaosalla (n. 70 %) refluksitautipotilaista, tähystyksessä ei voida osoittaa komplikaatiota, jolloin puhutaan ns. nonerosiivisesta refluksitaudista. Komplikaation löytyminen on aina varma osoitus refluksitaudin olemassaolosta.