Un tema que aparece en el Boletín, aunque no en forma de polémica, tal y como se daba en los medios científicos de la época, es el del evolucionismo. Cuando la Iglesia Católica arreciaba en contra de esta doctrina «sacrílega», la I.L.E. nombra a Darwin su profesor honorario. En las páginas del Boletín aparecen en 1882 una nota necrológica laudatoria y un artículo de Azcárate, además de artículos de Salvador Calderón, Simarro, etcétera, en los que se le cita como autoridad y se utilizan sus teorías de El origen de las especies como hipótesis científica. Un motivo más para incurrir en la agresividad de los ultramontanos.